ご投稿ありがとうございます。「専門嘱託は職歴として評価されない」というコメントをどのような文脈でしたかわからないのですが、むしろ立派な経歴になると思います。「日本人が少ない国際機関では認知度が低いため、どのような仕事をしてきたか理解されにくい」という趣旨のコメントかもしれません。
少なくともJPOの選考は日本の外務省が行うので、専門嘱託としてどこかで働いていたといえば、ピンとくると思います。また、国際機関の選考であっても、タイトルより、どのような中身のある仕事をしてきたかが重要です。
国際機関を念頭にキャリアを考えられているのであれば、契約形態はあまり気にする必要はないのではないかと思います。