ご投稿ありがとうございます。色々な理由があってIOMに絞られているのだと察します。もし、移民や労働という切り口で幅広く検討しているのであれば、ILOも国を跨いだ労働者に関する技術協力などを行っていますし、ほかの機関も色々な支援をしていると思います。
どちらの企業が良いかというご質問に対しては的確な助言ができる程の経験が私にはありません。私の経験から言えることは、一般的に小さな組織では自分で全て仕事をこなさなければならないため、根性と自力がつくと思います。一方、大きな組織では組織内の調整能力やビジネスの常識などを学ぶことができるように思います。
そのうえで、IOMなどの国際機関への就職に関しては、タイミングやめぐり合わせが大きな要因であることを付け加えておきたいと思います。どれほど実力があっても自分ではコントロールできないこれらの要因によってうまくいかないことが多々あります。したがって、どちらの会社で経験を積んでもIOMでの就職に直接繋がるとは言えないと思いますし、IOMのインターンやコンサルタントで下積みをしたからと言って就職に繋がるとも必ずしも言えない。それが実態だと思います。
キャリアの一歩をどこで踏み出しても将来の目標を見失わず突き進む気概が大切だと思います。