こんにちは。基本的には外務省ホームページの通りかと思います。つまり、外務省が最終的には裁量を持つということです。ただ、私の周りを見ると大方は希望に近いポストに派遣されている印象を受けます。最終的には本人の希望や経歴にあったところに配置されていると思います。
国際機関はJPO派遣国に対して空席ポストを提示します。外務省のJPO候補選考後に、合格者は空席ポスト一覧から希望ポストを選びます。外務省は希望ポストの中から国際機関へ連絡し、国際機関が関心を示せば、国際機関から連絡が来て面接。私もどういったやりとりがなされているのか理解していませんが、このような流れなのではないかと察します。
前年の空席リストがこちらから見ることができます。この中からご関心のあるポストを見つけ、そのポストに派遣されることを前提に応募書類を作成していくと良いと思います。もちろん、同じポストが来年も募集されるとは限りませんが、類似ポストが出る可能性は高いはずです。